دانشگاه آزاد اسلامی
واحد دامغان
دانشکده علوم پایه
پایان‌نامه برای دریافت درجه کارشناسی ارشد در رشته زیست شناسی گرایش بیوشیمی
عنوان
بررسی پلی مورفیسم ژن کد کننده پروتئین متصل شونده به ویتامین D در کودکان مبتلا به سرطان لنفوئیدی حاد در مقایسه با کودکان سالم
استاد راهنما
جناب آقای دكتر حسین عباسپور
استاد مشاور
جناب آقای دکتر احسان صبوری
شهریور 1393
(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)
تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :
(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)
فهرست مطالب
1-1-2- بیولوژی سلولی سرطان.. 6
1-1-3- ماهیت چند مرحله‌ای سرطان (مدل دو ضربهای نادسون) 7
1-1-4- نقش معکوس ژنها؛ ژن‌های مولد تومور و ژن‌های سرکوبگر تومور 7
1-4- واسطه های ایمنی و اثرات ضد تومور.. 12
1-6- پادتن ها (آنتی بادی ها).. 14
1-9- تاریخچه بیماری لوسمی.. 17
1-9-1- تقسیم بندی انواع لوسمی.. 18
1-9-2- همه گیر شناسی (مطالعات اپیدمیولوژیک).. 19
1-10- ساختار سیستم دفاعی بدن.. 20
1-11- عامل حساسیت به بیماریهای پیچیده.. 25
1-12- انواع تنوع بین ژنومهای انسانی.. 27
1-12-1- چند شکلیهای تک نوکلئوتیدی از نظر تعداد فراوانترین نوع تنوع ژنتیکیاند.. 27
1-12-2- چند شکلیهای تک نوکلئوتیدی.. 28
1-12-3- انواع چند شکلی تک نوکلئوتیدی.. 29
1-12-4- اهمیت و کاریرد چند شکلی تک نوکلئوتیدی.. 29
1-13-1- متابولیسم ویتامین D.. 30
فصل 2: مروری بر تحقیقات انجام شده 38
3-2-1- ضد عفونی کردن محل نمونه گیری.. 47
3-3- جمع آوری اطلاعات بیماران و افراد کنترل.. 48
3-5- آمادهسازی بافیکوت برای استخراج DNA.. 49
3-7-1- استخراج DNA به روش فنل کلروفرم.. 51
3-7-2- استخراج DNA بوسیله کیت DNPTM. 53
3-8-1- استفاده از اسپکتروفتومتر و قرائت OD.. 56
3-8-2- الکتروفورز روی آگارز 1%.. 56
3-10- واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR).. 57
3-10-1- نگاهی کلی بر واکنش زنجیره ای پلیمراز.. 57
3-11- طراحی پرایمر برای PCR.. 59
3-11-1- نکاتی که در طراحی پرایمر مد نظر داشتیم.. 59
3-11-2- غلظت پرایمرها و روش اندازه‌گیری آن.. 61
3-11-4- طراحی پرایمر با نرم افزار.. 61
3-12- تعیین دمای صحیح برای استفاده در PCR.. 62
3-13- دزوکسی نوکلئوتید تری فسفات (dNTP).. 63
3-14- DNA پلیمراز مقاوم به حرارت.. 64
3-17-1- وسایل و مواد مورد نیاز.. 65
3-18-2- بافر بارگذاری یا بافر نشانگر.. 68
3-18-3- منبع تغذیه الکتروفورز.. 68
3-18-4- مواد و وسایل لازم برای الکتروفورز محصولات PCR 69
3-18-5- طرز تهیه اتیدیوم بروماید mg/ml10.. 69
3-18-6- طرز تهیه محلول سایبرگرین.. 70
3-18-7- آماده ساختن سایز مارکر (Fermentas).. 70
3-18-8- تهیه ژل آگارز 1% و الکتروفورز محصولات PCR 71
3-18-9- شرایط تعیین توالی در انستیتوپاستور.. 72
3-19- توالی یابی ژن ها و ژنوم ها.. 72
3-19-1- شناخت روش های توالی یابی.. 73
3-20- نحوه مقایسه توالی محصول PCR در بانک ژنی.. 75
4-1- نتایج حاصل از جمع آوری نمونه ها.. 78
4-2- نتایج حاصل از کنترل پروسه استخراج.. 79
4-3- نتایج حاصل از کنترل فرآیند PCR.. 80
4-4- نتایج حاصل از توالی یابی.. 81
1-5- بحث پیرامون ژنوتایپ بیماران در برابر افراد سالم 87
چکیده
سابقه و هدف: پروتئین GC (جزء گروه خاصی از پروتئین‌های انسانی، یک پروتئین متصل شونده به ویتامین D یا GC گلوبولین) که در عملکرد فیزیولوژیکی مهم بدن شامل تکامل، انتقال، ذخیره ویتامین D، مهار و به دام انداختن G- اکتین خارج سلولی، افزایش فعالیت کموتاکسی C5α در التهاب نوتروفیلی و فعالیت ماکروفاژی نقش دارد. در بسیاری از مطالعات امروزه برای تعیین نقش پروتئین Gc، توجهات به سمت تعیین انواع پلی مورفیسم‌های این پروتئین بوده تا بتوان با مقایسه غلظت انواع مختلف از این پروتئین در بدخیمی‌های مختلف، ارتباط معناداری بین این دو پیدا گردد. این مطالعه با هدف بررسی پلی مورفیسم‌های ژن بیان کننده ویتامین D با بروز سرطان (ALL) در کودکان در استان زنجان انجام گردید.
مواد و روشها: با کمک کادر مجرب بیمارستان آیتا… موسوی بعنوان تنها مرکز تخصصی انکولوژی استان زنجان، نمونه گیری انجام شد. نمونه ها جهت جداسازی بافیکوت و تخلیص DNA با بهره گرفتن از روش کیت تجاری، به آزمایشگاه منتقل شد. پس از تخلیص، PCR انجام شد و نمونه ها جهت توالی یابی ارسال گردید. پس از مقایسه توالی کودکان بیمار و کودکان سالم با یکدیگر و با الگوهای موجود در پایگاه داده ها، اقدام به شناسایی پلی مورفیسم ها گردید.
نتایج: ژنوتایپهای Gc1S/1S در افراد بیمار 20% و درافراد کنترل23.1%، Gc1F/1S در افراد بیمار 40% و در افراد کنترل 61.5%، Gc1F/1F در افرادبیمار صفر درصد و در افراد کنترل 7.7%، Gc2/2 در افراد بیمار 6.7% و در افراد کنترل 7.7%، Gc1S/2در افراد بیمار33.3% و در افراد کنترل صفر درصد و Gc1F/2 هم در افراد کنترل و هم در افراد بیمار صفر درصد مشاهده گردید.
بحث و نتیجهگیری: بسیار واضح و کاملا شناخته شده است که نقش پروتئین GC به عنوان یک پروتئین پیشساز فعال کننده ماکروفاژ (MAF) در رخداد و جلوگیری از بسیاری از بیماری ها بخصوص بسیاری از عفونت ها و بدخیمی ها حائز اهمیت می باشد.
با توجه به این‌که ارتباط معناداری بین انواع ژنوتایپ ها و فنوتایپ های این پروتئین با رخداد بیماری وجود ندارد، لیکن می توان گفت مطالعات وسیعتر و البته دقیقتری در این زمینه مورد نیاز است.
کلمات کلیدی: پلیمورفیسم، ALL، Gc، ماکروفاژ
مقدمه
سرطان
سرطان[1] شامل گروه بزرگ و ناهمگنی از بیماری‌هاست که با تکثیر کنترل نشده سلول‌ها مشخص میشود (Alipoor A. and Noorbala A.A, 2004). برخی محققین، سرطان به معنی تقسیم کنترل نشده سلول‌ها را معادل بیماری که پایان طبیعی یک موجود چند سلولی باشد، نمی‌دانند. سرطان به این علت ایجاد میشود که سلولهای سوماتیک تغییرات ژنتیکی را کسب می‌کنند که به آنها شش ویژگی زیر را نسبت میدهند:
- توانایی همانند سازی به‌طور نامحدود
- عدم وابستگی به سیگنال‌های خارج سلولی
- عدم حساسیت به سیگنال‌های بازدارنده رشد خارج سلولی
- توانایی در پیشگیری از وقوع آپوپتوزیس
- توانایی تودهای از سلولهای این چنینی در راه اندازی فرآیند رگزایی
- توانایی در حمله به بافت‌ها و ایجاد تومورهای ثانویه (Strachan and Read, 2011)
از آنجا که دستگاه ایمنی بدن در کنترل تومور، پیشگیری از پیشرفت و گسترش متاستاتیک تومور نقش مهمی ایفا می کند، عوامل روانشناختی[2] که با ایمنی بدن در ارتباط هستند نیز اهمیت بالقوهای در شیوع و پیشرفت سرطان دارند (Alipoor A. and Noorbala A.A, 2004)
به‌منظور تقسیمبندی و افتراق انواع سرطانها، معیارهای متفاوتی ارائه گردیده است که منجر به ارائه الگوهای مختلفی گردیده است (Oommenو همکاران, 2008،Le Galesو همکاران, 1999). متناسب با این الگوها شیوه درمان نیز در انواع سرطان متفاوت خواهد بود (Mrakotskyو همکاران, 2011،Sirventو همکاران, 2011).
از 12400 مورد سرطان جدید در ایالات متحده در یک سال، 1% به کودکان 19 ساله و کمتر اختصاص داشته است. علیرغم تمام پیشرفت علم هنوز سرطانهای بدخیم دومین عامل مرگ و میر کودکان (6/10%) را تشکیل میدهد اگرچه اغلب کودکان مبتلا به سرطان از بیماری خود و درمانهای مربوطه جان سالم بدر میبرند، لیکن پیامدهای طولانی مدت ناشی از درمان عوارض دیررس و همچنین عفونتهای میکروبی حاصله از درمان، امروزه کانون تحقیقات و مطالعات دانشمندان است (Berman ER, 2004).
توزیع و پراکندگی هیستولوژیک[3] و نیز پیشآگهی[4] سرطانها در کودکان به شکل قابل توجهی با بزرگ‌سالان متفاوت میباشد به‌طوری‌که لوسمی[5]، لنفوم[6]، سرطان مغز[7] و سارکوما[8] در کودکان شایعتر است. به‌طور کلی سرطانهای لنفوهماتوپویتیک 44%، سرطانهای دستگاه عصبی 29%، سرطانهای بافت همبندی 10%، سرطانهای بافتهای جنینی[9] 12% و 5% باقیمانده را سایر سرطانهای اطفال تشکیل میدهند. درمان کودکان مبتلا به سرطان از پیچیدهترین مساعی در طب اطفال است به‌طوری‌که درمان با اشعه[10] (رادیوتراپی)، شیمی درمانی[11] (کموتراپی) و جراحی اگرچه سودمند میباشند، لیکن اثرات نامطلوب بر رشد و تکامل کودک داشته و گاهی اوقات سبب ایجاد عوارض دیررس در اطفال میگردد (Berman ER, 2004)
علاوه بر درمانهای ذکر شده، امروزه درمانهای جایگزینی نظیر پیوند مغز استخوان[12] و استفاده از فرآوردههای بیولوژیک (ایمونوتراپی[13]) در دسترس پزشکان قرار گرفته است که غالباً به‌صورت الگوی ترکیبی از درمانهای مختلف مورد استفاده قرار میگیرد. به‌طور کلی اکثر موارد لوکمی و نیز اغلب موارد لنفوم غیر هوچکینی[14] تنها با شیمی درمانی اداره میشود. البته در موارد لوکمی با درگیری آشکار سیستم عصبی مرکزی و نیز موارد لنفوم غیر هوچکینی غیر لنفوبلاستیک غالباً درمان توصیه شده رادیوتراپی است. البته درمان انتخابی در تومورهای شکمی ناشی از لنفوم بورکیت[15]، جراحی میباشد (Berman ER, 2004).
مسلماً شیمی درمانی برای درمان سرطانهای پیشرفته به هیچ عنوان کافی و کارا نبوده و درمان ترکیبی همراه با رادیوتراپی مورد نیاز خواهد بود. کاربرد بیشتر شیمی درمانی در اطفال پاسخ بهتر آنها و تحمل بهتر عوارض جانبی حاد آن میباشد. برعکس رادیوتراپی به علت ایجاد آسیب شدیدتر و عوارض جانبی دیررس بیشتر در اطفال کمتر مورد توجه میباشد. نکته مهم در درمان کموتراپی این است که تقریباً همیشه این درمان به‌صورت ترکیبی از چند دارو مورد استفاده قرار میگیرد. این کار علاوه بر اثر بخشی بهتر، طول درمان را کاهش میدهد. به علت مکانیسم اثر خاص این داروها بخصوص تأثیر بر چرخه سلولی، غالباً اثرات آنها بر ردههایی با سرعت تکثیر بیشتر مانند رده میلوئیدی[16] مغز استخوان مشهودتر خواهد بود. با تحت تأثیر قرارگرفتن سیستم ایمنی سپتی سمیها[17] و عفونتهای موضعی به‌وفور دیده میشوند (Berman ER, 2004).
سیر مداوای بیشتر کودکان مبتلا به لوسمی لنفوبلاستیک حاد[18] (ALL) با درمان اولیه برای ریشهکنی سلولهای لوکمیک از مغز استخوان با واسطه شیمی درمانی به مدت 4 هفته آغاز و در صورت نیاز، فاز دوم معالجه که درمان بر روی CNS[19] درمانی جهت ممانعت از عود بعدی CNS است، آغاز خواهد شد. لیکن به علت احتمال پایین عود بعدی CNS (کمتر از 5%) غالباً درمان در انتهای فاز اول متوقف میشود. البته در کودکان مبتلا به این نوع اختلال پنومونی ناشی از پنوموسیستیس کارینی به وفور مشاهده میگردد. در لوسمی میلوژنیک حاد[20] (AML) درمان چند دارویی کموتراپیک معمولاً موفقیتآمیز بوده و تا 80% موارد مفید واقع میشود. پیوند مغز استخوان و یا پیوند سلولهای بنیادی[21] در 70- 60% موارد باعث افزایش شانس بهبودی بیماری شده است. رژیم درمانی مختلف در سایر انواع لوسمیها و لنفومها همانند دو نوع سرطان خون ذکر شده فوق بسیار متفاوت و متنوع میباشد ولی نکته مهم در تمامی این موارد این است که به علت درگیری لنفوسیتها و تضعیف سیستم ایمنی، به نظر میرسد روند و احتمال ابتلا افراد به انواع مختلفی از میکروارگانیسمها افزایش یابد (Berman ER, 2004).
تعداد صفحه : 111
قیمت :14700 تومان